Zuständig für die Durchführung der Gesetzesfolgenabschätzung ist in Deutschland die für die Gesetzesinitiative verantwortliche Behörde. Weitere von dem Regelungsentwurf betroffene Abteilungen sind bei der Erstellung des Prüfberichts einzubeziehen (u.a. BMI 2009).
In der EU führen jeweils die Generaldirektionen die Integrated Impact Assessments durch, in deren Aufgabenbereich die jeweilige Politikinitiative entwickelt wird (u.a. EC 2009).